يُعد برنامج قطاع المياه أحد البرامج الرئيسية لجمعية روافد الخابور، ويركز على تحسين الوصول إلى المياه الآمنة والنظيفة، وتعزيز خدمات المياه والصرف الصحي والنظافة الصحية، ودعم قدرة المجتمعات المحلية على الصمود في المناطق المتضررة من النزاعات.

يهدف البرنامج إلى الحد من المخاطر الصحية المرتبطة بالمياه من خلال ضمان توفير مياه شرب آمنة، وتحسين البنية التحتية للمياه، وتعزيز ممارسات الإدارة المستدامة للمياه. كما يعمل على تعزيز الوعي المجتمعي بممارسات النظافة وأهمية استخدام المياه الآمنة للوقاية من الأمراض المنقولة بالمياه.

بالإضافة إلى ذلك، يدعم البرنامج إعادة تأهيل وصيانة أنظمة المياه في المجتمعات الضعيفة، مع التنسيق مع السلطات المحلية والجهات المعنية لضمان الوصول العادل والمستدام إلى خدمات المياه.